A organização interna da Terras Dentro foi estabelecida tendo em consideração a multidisciplinaridade que encerra em si, fruto das diferentes áreas de intervenção e dos diferentes projectos, bem como dos vários anos de experência acumulada.

Foram ainda criados dois órgãos de cariz consultivo para assessorar a Direcção nas suas opções estratégicas

Conselho de coordenação
Órgão consultivo composto pelos Coordenadores de Projecto e/ou outros técnicos da Terras Dentro, que reúne anualmente a convite da Direcção para discutir de uma forma global e integrada o planeamento estratégico desta entidade.

Conselho de Reflexão
Este é um órgão consultivo para o auxiliar no planeamento de uma estratégia de desenvolvimento integrado promovida pela Terras Dentro. É composto por um conjunto alargado de parceiros e instituições locais e regionais, que de uma forma directa ou indirecta possam intervir na dinâmica da Terras Dentro. Este órgão deverá reunir anualmente a convite da Terras Dentro.